Вуз образован в соответствии с постановлением Совета Министров СССР от 27 марта 1973 г. № 179 и приказом Министра высшего и среднего специального образования РСФСР от 24 мая 1973 г. № 229 как Алтайский государственный университет.
4 декабря 2002 года Алтайский государственный университет внесен в Единый государственный реестр юридических лиц как государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Алтайский государственный университет».
Приказом Государственного комитета РФ по высшему образованию от 22 февраля 1996г. № 324 г. был создан филиал Алтайского государственного университета в г. Рубцовске».
Приказом Федерального агентства по образованию от 03 марта 2006г. № 116 филиал Алтайского государственного университета в г. Рубцовске был переименован в Рубцовский институт (филиал) государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Алтайский государственный университет». Приказом Министерства образования и науки Российской Федерации от 28 апреля 2011 г. № 1546:

• государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Алтайский государственный университет» переименовано в федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Алтайский государственный университет»;
• Рубцовский институт (филиал) государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Алтайский государственный университет» переименован в Рубцовский институт (филиал) федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Алтайский государственный университет».

Приказом Министерства образования и науки Российской Федерации от 21 апреля 2016 г. № 457:

• федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Алтайский государственный университет» переименовано в федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Алтайский государственный университет»;
• Рубцовский институт (филиал) федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Алтайский государственный университет» переименован в Рубцовский институт (филиал) федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Алтайский государственный университет».